索金在了解真菌之前先了解了海绵。

　　在地球上的海洋里，至少有9000种海绵。有的海绵甚至生活在淡水中。它们靠身上的小孔，从成吨的海水中过滤到几克微薄的营养物质维持生命。海绵是多细胞（multicellular）生物，虽然有些海绵有玻璃一样的骨骼。但是总体上看，海绵没有组织、肌肉、器官、神经、大脑这些要件。

　　海绵细胞的主要成分是碳酸钙或碳酸硅以及大量的胶原质。在海绵的管壁上，长有摆动的长须（cilia），长须能从海水中滤掉废物，留下营养。不论海绵的体积多大，所需要的食物只要能满足每一个细胞就够了，并不贪婪。当然，海绵中也有"凶猛"者。在夏威夷生长的火海绵能够分泌毒液，给其它动物造成剧痛；生长在地中海的一种海绵，则具备诱骗小甲壳类动物的能力，能够伸出锋利的刺把它们团团围住，饱餐一顿。

　　海绵也是最早的有性繁殖生物，大多数的海绵都是雌雄同体的，能够同时产生卵子和精子并排入水中。精子会一直在海水中遨游，直到找到另一个海绵管道的接收入口。

　　海绵的多情还表现在：它还有另外一种生殖方式---如果一块海绵遭受外力破坏，被拆散了的细胞会在海水中寻找同伴，然后重新聚在一起，仿制出一块与它们父母辈相同的海绵。海绵受伤以后，不会用新细胞代替旧细胞的方式愈合伤口，而是调动旧的细胞到创伤处，阻止伤口进一步蔓延。

　　就这样，海绵很潇洒地生活在水下，并为周围成千上万种生物提供庇护所。此外，海绵其实很好动。1986年美国北卡罗来纳州大学的生物学家卡尔汗·邦德（CalhounBond）就发现，海绵并不是静止不动的，他通过精密仪器观察到，海绵的边缘会像肢体一样帮助自己移动，有的一天能移动4毫米，有的居然能爬上玻璃容器壁。

　　从一百五十万分之一概率中找答案---遗传因子分析像大海捞针

　　以往，科学家判断动物之间的联系主要依赖于观察动物外观，包括化石来判断。如果两种生物拥有共同的特征，比如爪子，就会被认为具有某种亲属关系。随着基因技术的突飞猛进，利用基因分析寻找生物源头开始了实际应用。上世纪70年代，索金的导师卡尔·乌伊斯（CarlWoese）就开始了这方面的研究。1989年索金成立了实验室，接过导师的课题继续研究。索金把研究方向集中在基因的进化以及寄生虫方面，他希望通过这些研究，回答导师提出的问题：生命最重要的单位，细胞是如何形成的。

　　基因分析并不是比较某些生物的全部基因构成，而是通过比较某些生物共有的基因段，分析其中的差异来判断两者之间的关系，如果两者有相似的基因排列，并且带有同样的基因特征，那么就可以推论两种生物具有同一个祖先。如果基因排序非常不同，那就可以知道它们在很早以前就分叉，朝着不同的方向进化了。

　　索金希望在这种理论指导下，采用核糖体RNA手段，建立一个客观的动物进化结构方程式，他从极为罕见的古菌（archaea）的基因排序入手，从浮游生物、真菌、海绵、水母、海葵、软体动物中提取DNA，比较它们的基因排列顺序，比较核糖体RNA，并且应用十进位计数法，来计算它们与昆虫、鱼类、鸟类、哺乳动物之间的关系。

　　20多年前，基因技术还刚刚起步，这样的计划在当时是非常有远见的。在上世纪80年代初，科学家确定红海绵的一个遗传因子就要消耗一年的时间，所有的工作都是手工操作。几年之后，他们能在一年内分析10～15个因子。今天，索金已经能在一夜之间做1000个因子分析了。但即便是今天，一段特定的染色体组也可能包含着30亿对基础对，要找出2000对的关系，概率为一百五十万分之一，因此，要找到答案仍然像是大海捞针。